El espíritu de un asesino en serie es absorbido por un ordenador de Cleveland, desde donde continúa persiguiendo a su última víctima, una madre soltera, a través del asesinato de sus amigos.

Durante muchos años los extraterrestres han vivido en la Tierra, mezclados con los humanos, sin que nadie lo supiese. Los Hombres de Negro son unos agentes, pertenecientes a una asociación altamente secreta del gobierno, encargados de controlar a los alienígenas. Ahora dos de estos agentes, uno veterano y otro recién incorporado, y que tienen como misión vigilar a los alienígenas que habitan en la ciudad de Nueva York, descubren a un terrorista galáctico que pretende acabar con la humanidad.

El agente del FBI LaCrosse está investigando a un peligroso criminal sospechoso de múltiples asesinatos y que tiene secuestrado a su propio hijo. Pero el FBI lo aparta del servicio activo hasta que concluya su investigación. LaCrosse tendrá que afrontar muchos riesgos a la hora de perseguir a los dos principales sospechosos, incluso la actitud hostil del sheriff local, más preocupado de su reelección.